As aplicações em Fundos de Investimento, em sua maioria, estão sujeitas a dois tipos de tributos: o Imposto de Renda (IR), tributo existente em vários países, em que cada contribuinte, seja ele pessoa física ou pessoa jurídica, é obrigado a pagar uma certa porcentagem de sua renda ao governo, e o Imposto sobre Operações Financeiras (IOF), imposto sobre Operações de Crédito, Câmbio e Seguros, um imposto federal, ou seja, somente a União tem competência para instituí-lo. Ambos são retidos na fonte, isto é, incidem automaticamente no momento do resgate da aplicação, e o investidor não precisa pagá-los via boletos ou guias.
A exceção a essa maioria são os chamados Fundos de Debêntures Incentivadas, que são isentos da tributação de IR e IOF para pessoas físicas. As Debêntures Incentivadas são emitidas para financiar projetos de infraestrutura. Como são investimentos de longo prazo, a sua correção está atrelada ao Índice Nacional de Preços ao Consumidor Amplo (IPCA). Uma forma mais pragmática de acompanhar a rentabilidade dos Fundos de Debêntures Incentivadas é comparar a rentabilidade acumulada.
Outro caso particular são os Fundos de Ações, que são isentos de IOF. Segundo a lei 13.043/14, na seção IV, papéis de companhias que tenham valor de mercado de até R$ 700 milhões, e faturamento bruto inferior a R$ 500 milhões, tanto nas ofertas públicas iniciais (IPOs) quanto nas datas das ofertas públicas subsequentes (follow-ons), possuem isenção. A indústria de fundos apresenta uma grande diversidade de classificações: Renda fixa, Multimercado, Ações e Cambial, além das respectivas subcategorias. Apesar disso, quando se trata de regime de tributação, os tipos se resumem em apenas quatro: curto prazo, longo prazo, renda variável e incentivado.